En la parte futbolística, la temporada 1990/91 comenzaría exitosamente al ganar en el mes de agosto la Supercopa de Italia, tras vencer 5:1 a la Juventus. En cambio, no pudieron defender su título en la Copa Italia, pues fueron eliminados por el Bolonia. Mientras que en la Copa Italia llegaron hasta los cuartos de final en donde fueron eliminados por el Atalanta. En Europa League, tras ganarle a Zúrich y Salzburgo, perdió contra el Arsenal en los cuartos de final. En la Copa Italia fue eliminado por el Milan en el San Siro, en los cuartos de final. El rival en la final fue el Colo-Colo de Chile. Su máximo logro en su corta edad es una Euroliga en el año 2005 tras vencer en la final a Portugal. A principio de los años 1980 ya organizó un partido amistoso en beneficio de Unicef, en el que el Barça se enfrentó en el Camp Nou al equipo Human Stars, una selección de los mejores futbolistas del mundo.
En la ida, el Athletic derrotó 2-1 al Barça en San Mamés. En su primera temporada en el banquillo del San Paolo, Ancelotti mantuvo al conjunto napolitano como el principal oponente de la Juventus de Turín en el país transalpino, finalizando en 2ª posición, a 11 puntos del líder. 2 a 1 contra la Juventus de Turín en el Estadio San Paolo. La nueva gestión técnica tuvo un debut exitoso ante el Bolonia; en la fecha siguiente los azzurri ganaron contra la Fiorentina en el Estadio Artemio Franchi, rompiendo un ayuno de victorias de visitante de un año exacto. La temporada 2013-14 se presenta como una nueva etapa para los partenopei, con la marcha del técnico Walter Mazzarri al Inter de Milán y de su goleador Edinson Cavani al París Saint-Germain. En la Copa Italia el Napoli se coronó campeón por cuarta vez en su historia, batiendo en la final a la hasta entonces invicta Juventus, ganadora del scudetto, por 2:0, con goles de Cavani y Hamšík. Liga Europa, cayó ante el Villarreal en dieciseisavos de final.
La temporada oficial comenzó el 16 de agosto, con una victoria por 3:0 ante la Salernitana en la tercera ronda de la Copa de Italia. Por su parte, Italia empató sus tres encuentros, por 0-0 ante Polonia, y 1-1 frente a Perú y Camerún. Consultado el 16 de septiembre de 2020. «El club de la Premier League ha sellado un acuerdo de patrocinio por tres temporadas con la compañía de distribución online de coches de segunda mano Cazoo». Faltando tres fechas para el final, Napoli empató 1:1 con Como y el Inter perdió 1:0 frente al Ascoli. A dos fechas del final, tanto el Napoli como el Milan se encontraban en la primera posición con 47 puntos. En la primera temporada de la década, el Napoli peleó el título finalizando tercero a seis puntos del campeón, Juventus, logrando así clasificarse a la Copa de la UEFA. En la temporada 2006/07 el Napoli jugó la Copa de Italia superando al Frosinone por 3:1, al Ascoli 1:0 (después del tiempo reglamentario) y a la Juventus. En la última fecha, aunque solo debían empatar para quedarse con el título, los azzurri vencieron por 1:0 a la Lazio, consiguiendo el scudetto. En esa fecha, la 33ª, el Napoli venció 4:2 al Bologna, mientras que el Milan fue derrotado por 2:1 por el Hellas Verona.
A principios de abril, Napoli sufrió una pequeña pérdida de nivel -empató con Empoli y perdió con Hellas Verona- que permitió al Inter acortar distancia. Refiriéndonos al espacio de maniobra, la mayoría de equipos de Primera División presentan un nivel de endeudamiento elevado debido al peso que tiene la financiación ajena en su estructura financiera. Tiempo después, la justicia italiana abriría una causa contra el laboratorio que realizó el análisis, a raíz de múltiples denuncias por irregularidades en los análisis no solo de Maradona, sino también de muchos otros jugadores. De la cantera salieron jugadores como Nando, Jiménez, Rafa Paz, José Mari y Reyes. En 1926 el Bayern conquistó el campeonato del sur de Alemania, donde los más duros competidores habían regresado, como el Núremberg y el Fürth —quien en ese momento era considerado el mejor equipo alemán en Baviera—. El primer escudo del Napoli era de forma ovalada y de color azul bordado de oro.
En 1947 se volvió a la denominación de «Associazione Calcio Napoli». El 1 de agosto de 1926 la asamblea de socios del Internaples decidió cambiarle el nombre de la sociedad, constituyendo la Associazione Calcio Napoli. Además, puso el nombre de la organización en el espacio central de su primer equipaje, camiseta del liverpool 2021 siendo la primera vez que lucía publicidad en las camisetas del equipo de fútbol. Tras el buen rendimiento de Isla en la Copa Mundial de Fútbol Sub-20 de 2007, el técnico explicó por qué no había debutado: «Él no vino a entrenar y estuvo desaparecido un mes. En unas horas, llegó el apoyo del mundo del fútbol y el de los futbolistas del primer equipo masculino. La primera derrota oficial llegó en los octavos de final de Copa de Italia contra la Juventus; sin embargo en este partido Mazzarri decidió poner en la cancha a un equipo alternativo, casi sin titulares. Gary Lineker al final de la nota dice es el mejor por mucho. En la temporada 1996/97 el equipo partenopeo perdió la final de Copa Italia contra el Vicenza.