La sección de fútbol sala es considerada profesional desde el regreso del equipo a la División de Honor de la LNFS. El equipo de balonmano del Barça es el conjunto que acumula más títulos de España y Europa, con 10 Copas de Europa. Su título más preciado, sin embargo, la Euroliga (o Copa de Europa), no lo consiguió hasta la temporada 2002-2003, ajax fc cuando ganó la fase final celebrada en la propia ciudad de Barcelona.
