A pesar de la llegada de algunos refuerzos de futbolistas jóvenes y prometedores, como por ejemplo Suso Fernández, (cedido por el Liverpool FC), el equipo parte con una base muy débil, ya que más de la mitad del equipo titular es la base del año anterior en segunda división. Almería. El día 11 de junio de 2012 el club indálico anuncia que Javi Gracia sería el nuevo entrenador para la temporada 2012-13. También se anuncian durante los días de mercado de verano y de invierno la llegada de importantes futbolistas como Iago Falqué, Aleix Vidal, Javier Casquero, o el delantero Charles Dias, quien a la postre terminaría convirtiéndose en el máximo goleador de Segunda División en esa temporada y en una pieza absolutamente clave para el equipo.
