Tercero se dividió el contingente en 4 equipos, lo cual hizo que no hubiera unidad en el grupo. Primero porque se convocaron aproximadamente unos 40 jugadores y más de la mitad del contingente no participaría en el Mundial. En 1974 su compatriota João Havelange —el presidente de la FIFA— intentó convencer a Pelé de volver a la selección con miras al mundial de Alemania, ya que Mário Zagallo tenía dificultades para armar a la selección. Con Mazzei de entrenador y con miembros de la selección como Carlos Alberto y Clodoaldo, el Santos volvería a conquistar el planeta como lo había hecho unos años atrás. Así, Santos se consagraba por segunda vez como campeón de América. Como medida de prudencia, los dirigentes decidieron que no jugara el segundo partido ante una nueva Hungría, la cual tenía a un grandioso Flórián Albert. Tras la retirada de Jaap Stam en octubre de 2007 se convirtió en el capitán del equipo mientras el veterano centrocampista Edgar Davids se recuperaba de una lesión. Para octubre de 1969 llevaba 989 goles anotados.
Finalmente en octubre de 1974, Pelé se despidió del Santos y del alto nivel en Vila Belmiro. Pese a esto, con el Santos se inició una nueva época en todo el sentido. En la vuelta en el Maracaná, ni Pelé ni Zito jugaron, pero el Santos ganó por 4-2, y en el desempate, ganó el Santos por 1-0. Así el Santos también era por segunda vez campeón del mundo de clubes. El único método seguro para recuperarse era evidente: volver a ponerse los botines. La llegada de Mazzei además de dar la Copa Río-São Paulo (edición 1966), haría que diera comienzo la segunda era dorada del Santos, con nuevos jugadores como Clodoaldo, Manoel Maria y Ramos Delgado entre otros. En 1966 ganaron en un triangular que incluía al Santos, el Inter y el Benfica, camisetas de futbol replicas torneo realizado en Estados Unidos. Para 1964 llegaba Julio Mazzei para dirigir al Santos, después de una gran gestión en el Palmeiras.
Así se llegaba a Goodison Park en Liverpool el 12 de julio de 1966 para enfrentar a Bulgaria. El 18 de julio de 1971 jugó su último partido con la camiseta verde oro ante Yugoslavia. El primer partido fue en San Siro, ganando el Milan por 4-2 con Pelé anotando los dos goles de su equipo y lesionándose por el marcaje de Trapattoni. Para la Copa Intercontinental, se enfrentarían al AC Milan de Gianni Rivera, Giovanni Trapattoni y su compatriota Amarildo. Segundo, las dos estrellas de Brasil Garrincha y Amarildo no estaban al nivel de hace 4 años. De hecho, Amarildo se lesionó en un amistoso preparatorio. Luego en Joao Pessoa anotó un gol más, ya llevaba 999 goles y luego de no anotar en Bahía, el circo mediático se trasladó a Río de Janeiro, al Maracaná, ante el Vasco da Gama. Ganó Brasil 2-0 con goles de Garrincha y Pelé de tiro libre, pero el defensa Zhechev de Bulgaria castigó fuertemente a Pelé cometiendo toda clase de faltas que no fueron pitadas por el árbitro.
Así, Brasil regresaba a casa con las manos vacías. Para las semifinales Pelé y su equipo enfrentaron a su némesis natural: Uruguay. El 5 de abril de 2013, en un partido entre Napoli-Internazionale jugado por la 35ª fecha, en donde el goleador uruguayo anotaría un hat-trick, llega a los 100 goles defendiendo los colores del equipo del sur. Brasil perdió 3-1. El siguiente partido ante los portugueses de Eusebio, sería fatal para Pelé por dos razones. En la segunda parte Brasil sale a todo o nada y Gérson aprovecha el máximo espacio disponible y bate al portero Enrico Albertosi con un gol de fuera del área. Unos minutos después Gerson con mucho espacio envía el balón al área, Pelé cabeceó y Jairzinho en el área anotó y se convirtió en el único jugador que ha anotado en todos los partidos de una Copa del Mundo. A 4 minutos del final Clodoaldo hace una gran jugada en el medio, pasa a Rivelino y este a Jairzinho, este pasa a Pelé que presiente venir de atrás a Carlos Alberto. Muy buen movimiento de Hazard en el inicio de la jugada.