Las primeras dos siguió siendo dirigido por María Vargas. María Vargas y Lola Romero fueron quienes capitanearon esa nueva aventura de la sección femenina del Atlético de Madrid como entrenadora y presidenta, respectivamente. Club Atlético de Madrid (Masculino y Femenino), pasando los equipos femeninos a formar parte de pleno derecho del Club. Club ha organizado las celebraciones (visita a Neptuno, etc.) conjuntamente para ambos equipos. En 2008 las jugadoras solicitaron a la presidenta un cambio de entrenador y María pasó a ser directora deportiva. María contrató a Antonio Contreras como entrenador del primer equipo. En este equipo había jugadores de la talla de Andreas Möller, Stéphane Chapuisat, Matthias Sammer y Jürgen Kohler entre otros. Diversas encuestas lo ubican entre los mejores jugadores de la historia. En verano de 2015, el Porto perdió a grandes jugadores nada más empezar como fue el caso de Jackson Martínez, que se marchó al Atlético de Madrid y Casemiro que fue repescado por el Real Madrid.
En abril de 2019 recibió el Premio Madrid otorgado por el Madridiario otorgado a personalidades e instituciones destacadas en cualquier ámbito en la Comunidad de Madrid. Único futbolista de River Plate incluido en el top 10 del premio FIFA World Player al mejor delantero del mundo el año 1997 ocupando el 6.º lugar. El mayor logro fue eliminar al Manchester City en Liga de Campeones lo que supuso la primera clasificación del equipo para los cuartos de final de la competición. Inicialmente el equipo femenino no formaba parte como tal del organigrama del Atlético de Madrid. Poco a poco fueron escalando divisiones hasta lograr, en la temporada 2002/03, el ascenso a Primera Nacional donde, por fin, el Atlético de Madrid integró en su organigrama al Atlético Féminas, que pasaría a llamarse Club Atlético de Madrid Féminas. De esta forma en la temporada 2001/2002 se puso en marcha el denominado en un principio como Atlético Féminas.
En la temporada 2011-12 se cambió al entrenador del primer equipo por Juanjo Carretero y ficha a Sandra Vilanova, Adriana Martín y Claudia Zornoza y subió al primer equipo Noelia Gil. De nuevo se destituyó al entrenador a mitad de temporada, apostando por el técnico del segundo equipo Ferney Agudelo. Tras llegar de viaje, mi camiseta Elorduy le entregó al Athletic Club de Bilbao veinticinco camisetas y guardó la otra mitad en casa de sus abuelos. Priscila Borja y Bea Beltrán dejaron el club. En la temporada 2009-10 se fichó a Leire Landa y Priscila Borja y subieron al primer equipo Marta Carro y Nagore Calderón y el equipo terminó en cuarta posición. En la temporada 2014-15 se fichó a Ángela Sosa del Sporting Club de Huelva, y a Débora García y Mapi León del Espanyol y Brenda Pérez del Valencia y dejaron el equipo Zonorza y Jade Boho. En las temporada 2012-13 se fichó a la joven portera del Sporting Club de Huelva Lola Gallardo, que debutaría esa misma temporada con la selección española y causaron baja Vilanova, Adriana y Landa. En la temporada 2018-19 el club decidió cerrar el ciclo de Villacampa y nombró a José Luis Sánchez Vera entrenador.
Días más tarde, el 28 de junio, se anunció la reaparición del club con un nombre renovado y con una cúpula de ocho nuevos dirigentes y accionistas. En el verano de 2001 se realizaron nuevas elecciones a la presidencia del Athletic, José María Arrate decidió no volver a presentarse como candidato después de ocho años de mandato. Fue nuevamente convocado para las eliminatorias de la Eurocopa 2004, permitiendo cuatro goles en ocho encuentros. El Celta, por su parte, solo ha estrenado primero el marcador cuatro veces, tres los acabó ganando y solo en uno vio como su rival terminó dando la vuelta al encuentro. Destacó la vuelta de Jennifer Hermoso y el fichaje de Olga García, ambas habituales en la Selección Española. Empezaron la temporada 2019-20 con la baja de Jennifer Hermoso que fichó por el Barcelona, además de la salida de varias jugadoras suplentes en busca de minutos. En la temporada 2010-11 la estrella del equipo y canterana Jennifer Hermoso abandonó el club por el Rayo Vallecano y el equipo acabó quinto. Ese día, empataron a dos con el Madrid Club de Fútbol Femenino y la asistencia fue de 22.202 espectadores, convirtiéndose en el segundo partido más concurrido en la historia del fútbol femenino español hasta la fecha.
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